Como antecedentes de la COEPES podemos referir los siguientes avances en la planeación educativa a nivel nacional y estatal: el Programa de Educación Pública de 1935; la creación de la Asociación Nacional de Universidades e Institutos de Enseñanza Superior (ANUIES) en 1950, que propicia el acercamiento, diálogo, intercambio de experiencias y conjunción de esfuerzos en torno a planes y programas comunes; y el Plan de Once Años de 1960 que tuvo el propósito fundamental de ofrecer educación básica a todos los niños en edad escolar y fundamentar las instancias para la planeación educativa.
Uno de los impulsos más significativos para el crecimiento y desarrollo de la educación superior es el iniciado en la década de los setenta con la creación del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT), a la par de un significativo incremento de la matrícula y la multiplicación de las instituciones de educación superior, principalmente públicas. Una nueva realidad que hizo evidente la necesidad de institucionalizar la planeación y evaluación en el ámbito de la educación.
La 1ª Conferencia Latinoamericana sobre Planeamiento Universitario convocada por la Unión de Universidades de América Latina (UDUAL) en 1969, celebrada en la ciudad de Concepción, Chile; influyó de manera determinante en la formación de una nueva cultura educativa; quedó asentada la necesidad de que las universidades latinoamericanas contaran lo más pronto posible con una planeación de la educación tanto a nivel nacional como regional.
La primera experiencia de planeación nacional en México se dio en el marco de la ANUIES en 1970, en el seno de la XXI Asamblea Ordinaria celebrada en la ciudad de Hermosillo, Son., en la cual se presentó el Diagnóstico Preliminar de la Educación Superior. En este mismo año, en la ciudad de Villahermosa, Tab., se presentó el Programa Nacional de Formación de Profesores.
En el año de 1978 se dio un fuerte impulso a la planeación nacional de la educación superior, ya que en la XVIII Asamblea Ordinaria, llevada a cabo en la ciudad de Puebla, Pue., la ANUIES aprobó el documento La Planeación de la Educación Superior en México. En este documento se hace un balance general de la educación superior y se formulan una serie de políticas para su estabilidad y autonomía, para su expansión y desarrollo, para su contribución al incremento de la producción de bienes y servicios, para su integración y planeación y para la innovación y vinculación con el cambio social. También, se presenta la propuesta de un Sistema Nacional de Planeación Permanente de la Educación Superior (SINAPPES) y se propone un Plan Nacional de Educación Superior (PNES).
En el SINAPPES se establecieron los mecanismos para la adecuada coordinación de la planeación, estructurada en tres niveles: las Unidades Institucionales de Planeación (UIP); las Comisiones Estatales para la Planeación de la Educación Superior (COEPES); los Consejos Regionales para la Planeación de la Educación Superior (CORPES); y la Coordinación Nacional para la Planeación de la Educación Superior (CONPES). Se contempla también la creación de Comisiones Técnicas Especiales.
En el estado de Guanajuato, la COEPES se constituyó formalmente el 24 de abril de 1980 y, en 1982, entró en un receso de más de una década, lapso en que las instituciones de enseñanza superior en el estado y los programas que se ofertaban se multiplicaron. El 10 de febrero de 1998 se reactivó la Comisión con la participación de 31 instituciones, siendo electo como primer presidente el entonces Rector de la Universidad de Guanajuato, Juan Carlos Romero Hicks.
El 13 de febrero de 1996, se firma el Acuerdo para la Federalización de la Educación y se decide crear el Consejo para la Planeación, Evaluación e Impulso de la Formación para el Trabajo, la Educación Media Superior y Superior en el Estado (COPLEVIM); mismo que se constituye el 24 de abril del mismo año. La Universidad de Guanajuato recibió la encomienda de trabajar una propuesta de Programa Estatal de Educación Superior en el Estado (PREES).
El mes de julio de 1997 la Secretaría de Educación Pública emite el documento-propuesta para la Conciliación de Oferta y Demanda de Educación Superior en las Entidades de la Federación (propuesta de refuerzo de la misión de las COEPES), en el que se hacen recomendaciones para la reactivación de estas Comisiones en cada una de las entidades del país.
La importancia de contar con un Sistema Estatal de Educación Superior (SEES) que, partiendo de un diagnóstico integral, conjunte esfuerzos y voluntades y vertebre a los distintos Subsistemas de Enseñanza Superior que existen en la entidad; la necesidad de atender los rezagos educativos que enfrenta el estado en materia de enseñanza superior con calidad, pertinencia y equidad; la conveniencia de intercambiar experiencias que permitan a las instituciones explorar las modalidades de enseñanza no convencional y favorezcan la movilidad de profesores y alumnos; la fuerte tendencia a modelos universales de evaluación, acreditación y certificación dictados por la globalización; la preocupación de los gobiernos estatal y federal por atender una de las más importantes prioridades en sus planes y programas de trabajo sustentan la revitalización de la COEPES. Todo ello en un marco de respeto pleno a la libertad académica e identidad institucional y a partir de un acuerdo de voluntades y de esfuerzo conjunto, proceso de revitalización que inició con su reconstitución por parte del Ejecutivo estatal el 10 de febrero de este año, que se afianza con la aprobación del presente Estatuto y que se continúa gracias a la respuesta entusiasta de los titulares de las instituciones de enseñanza superior de la entidad.