Un hecho fundamental en la vida de la COEPES es su constitución como Asociación Civil. El 28 de noviembre de 2000, en la reunión del Pleno celebrada en el Instituto Tecnológico de Celaya, fue firmada por todos los miembros el acta que da origen a la COEPES A.C. con personalidad jurídica y patrimonio propio.
El 18 de marzo del 2002 fue aprobado el Programa Estatal de Educación Superior PRESS por el Pleno de la COEPES en sesión extraordinaria. Una vez publicado el Programa, se entregó oficialmente al Gobernador del Estado, Lic. Juan Carlos Romero Hicks en la ceremonia del Toma de Protesta del Presidente de la Comisión A.C., Lic Cuauhtémoc Ojeda Rodríguez.
A fin de fortalecer la vinculación del sector educativo con el productivo, así como impulsar el espíritu emprendedor en los estudiantes del estado; la COEPES -en coparticipación con diversas instancias educativas, gubernamentales y no gubernamentales- realizó la Expo-proyectos Guanajuato 2003 y 2004 en el Poliforum León, eventos en los cuales los estudiantes de nivel medio superior y superior expusieron aproximadamente 150 y 80 proyectos y propuestas productivas, respectivamente. En la edición 2004, resultaron seleccionados 10 proyectos de 190 para financiarlos con hasta $100,000.00 pesos a los primeros 5 lugares, y con $70,000.00 pesos a los restantes.
La COEPES se ha caracterizado por la disposición de sus integrantes para realizar acciones conjuntas con diversas instituciones para lograr sus objetivos. Entre estas acciones destaca la reciente firma de un convenio de colaboración con el Cégep de Sorel-Tracy (institución educativa canadiense) para el intercambio de alumnos y docentes. Próximamente, se firmará un convenio con el Instituto de Financiamiento e Información para la Educación EDUCAFIN para apoyar en la capacitación de docentes; así como un convenio con el Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Guanajuato CONCYTEG para participar en el proyecto Veranos de la Investigación Científica. Tentativamente, se tiene proyectado firmar un convenio con el Centro Nacional para la Evaluación para la Educación Superior A.C., CENEVAL, institución evaluadora de los estudiantes de educación secundaria, media superior y superior.
En 2007, la SEG y la COEPES firmaron un convenio de colaboración, en la que la Comisión se comprometió a elaborar el Evaluación y Prospectiva de la Educación Superior en Guanajuato, cuyo objeto general es definir la caracterización de la oferta educativa de las IES del Estado de Guanajuato y diseñar un sistema de información sobre la oferta educativa, el cual integre los aspectos cuantitativos a fin de realizar la exploración del entorno para contar con la información necesaria para el análisis de tendencias (la proyección) de los principales indicadores educativos, así como los insumos para el análisis cualitativo de la oferta.
Vía proyecto de inversión de gobierno del Estado, se ha realizado el programa denominado Formación y Actualización en Planeación Educativa, el cual es impartido por el Centro IGLU México, cuya finalidad es contribuir al cambio de la gestión estratégica en las instituciones de educación superior del estado de Guanajuato y al fortalecimiento del liderazgo de los directivos, mediante su formación y actualización, dicho programa ha formado entre los años 2006 y 2007 a 68 participantes de las diversas instituciones miembros de la COEPES. Cabe mencionar que los participantes realizaron sus pasantías en países como Ecuador, México, Canadá, Argentina, Chile, Venezuela, Brasil y República Dominicana.
Con la finalidad de impulsar y fortalecer los programas de mejora continua en las instituciones de educación media superior y superior, la COEPES en conjunto con la CEPPEMS diseñaron un curso de Auditores Líderes, cuyo objetivo es permitir al participante familiarizarse con la estructura del proceso y los requerimientos de la Norma ISO 9001 del Sistema de Gestión de la Calidad. Actualmente se cuenta con más de 30 egresados de las instituciones de educación superior afiliadas a la COEPES.
En coordinación con la Secretaría de Empleo y Capacitación, se realizaron talleres del Proyecto Jóvenes por la Competitividad, en los que ha diciembre de 2006 se capacitaron a 1,050 jóvenes pertenecientes a 9 instituciones educativas.
Actualmente la COEPES cuenta con una revista electrónica (www.coepesguanajuato.org.mx/revista); el cual es un medio de difusión de los logros de la Comisión y de sus afiliadas. Además se publican artículos elaborados por el personal académico y administrativo, así como por estudiantes de las diversas IES afiliadas a la COEPES. Se incluyen noticias, convocatorias e información relevante de las actividades que cada una realiza. Para el aseguramiento de la calidad de los contenidos de este proyecto, se ha creado un Comité Editorial conformado por académicos representantes de diferentes IES afiliadas.
Recientemente participó en el 5 Foro Internacional desde lo local, cuyo propósito es fortalecer la gestión pública y administrativa de las autoridades locales, tomando como tema central la implementación del Programa Descentralización Estratégica: Agenda Desde Lo Local. Es el evento anual para el desarrollo municipal más importante de México, participan alrededor de 3,000 funcionarios de los 3 órdenes de gobierno; así como académicos y expertos en los temas municipalistas. En los 5 años de este exitoso Foro, es la primera ocasión en la que se abren espacios de participación a la comunidad universitaria, a través de la COEPES Guanajuato. La participación de la COEPES Guanajuato fue a través de 200 becas de participación para alumnos y profesores,Foros Universitarios (teniendo como sedes a instituciones de educación superior como el Instituto Irapuato, Instituto Tecnológico de Celaya, Instituto Tecnológico de León, Instituto Tecnológico de Roque, Universidad de Guanajuato, Universidad De La Salle Bajío, Universidad Liceo Cervantino y Universidad Tecnológica del Norte de Guanajuato) y un stand en la Expomunicipalista
En coordinación con el ITESI, se llevará a cabo un curso con fines de sensibilización a la norma ISO 14000.
De manera conjunto con la CEPPEMS, se realizará el Curso para auditores líderes de la norma ISO 14000 para impartir por Sistemas Integrados QSI.
Están por realizarse dos proyectos de inversión para el apoyo al trabajo de la COEPES, a saber: Seguimiento al Programa Estatal de Educación Superior (PREES) “ Sistema Estatal de Educación Superior (SEES) y el de Investigación para la planeación y fortalecimiento de la educación superior. Dichos proyectos tienen como objetivos: dentro del primero, realizar un análisis del estado de seguimiento del PREES y por otro lado el dar seguimiento de los egresados de media superior que han presentado el EXANI-2. Respecto al segundo, es contar con un plan maestro que sea una referencia válida de orientación, programación y cuantificación de la oferta educativa de educación superior pública y privada necesaria por área del conocimiento y región para contribuir al desarrollo sustentable del Estado de Guanajuato.